Neben dem zähen Schleim, den in ihn eingebetteten antibakteriellen Peptiden und der mechanischen Barriere des Darmepithels mit seinen Tight Junctions sorgen auch in die Schleimschicht abgeschiedene Immunglobuline (Antikörper) für einen Schutz vor Pathogenen und vor allzu aufdringlichen Kommensalen. Es gibt mehrere Typen von Immunglobulinen, die sich in ihrem Aufbau, ihrer Funktion und ihren Einsatzorten unterscheiden. Im Darm finden wir vor allem IgA (links), und zwar zumeist als Dimer: Zwei Antikörper sind an ihrem konstanten Ende (am „Stamm“ des Y) miteinander verbunden und mit einer Peptipkette umwickelt. IgA bindet vor allem an Bakterien.  

IgE ist zumeist an Mastzellen gebunden, also mit dem konstanten Ende in deren Membran verankert. Es bekämpft vor allem eukaryotische Organismen, also einzellige Parasiten und vielzellige Würmer. Außerdem ist es typisch für allergische Reaktionen. IgM tritt als Pentamer auf: Fünf Antikörper sind miteinander verbunden. Es wird vor allem in der Frühphase einer Virusinfektion ausgeschüttet, da es gut an Viren bindet, die sich noch außerhalb von Zellen aufhalten.

IgD und IgG (nicht abgebildet) ähneln dem IgE; sie treten ebenfalls als Monomere auf. Von den antigenbindenden Enden der Immunglobuline (die Enden der beiden kurzen Ärmchen des Y) gibt es zahllose Varianten, die jeweils nur ein bestimmtes Antigen binden können. Das unterscheidet die adaptive Immunantwort von der angeborenen Abwehr, die nur eine begrenzte Zahl sehr häufig vorkommender Strukturen auf Bakterienzellen usw. erkennt.