Etwa 78% aller Patienten mit Autoimmunerkrankungen sind Frauen. Es gibt aber auch Autoimmunerkrankungen, die bei Männern häufiger auftreten. Eine simple „logische Erklärung“ gibt es für diese Unterschiede nicht. So gibt es gleich zwei Autoimmunerkrankungen, die die Gallengänge in der Leber betreffen. Die primär biliäre Zirrhose (PBC), bei der zuerst die kleinen Gallengänge angegriffen werden, tritt zu 90% bei Frauen auf. Die primär sklerosierende Cholangitis (PSC), bei der die dickeren Gallengänge angegriffen werden, trifft dagegen in zwei Dritteln aller Fälle Männer:

Viele Autoimmunerkrankungen nehmen seit einigen Jahrzehnten zu, zum Teil dramatisch.  In Schweden hat sich die Inzidenz (Auftreten neuer Fälle in einem Jahr) für Typ-1-Diabetes bei Kindern (0-14 Jahre) von 21,6 neuen Fällen pro 100.000 Kinder in den Jahren 1978-1980 auf 43,9 neue Fälle pro 100.000 Kinder in den Jahren 2005-2007 mehr als verdoppelt. Die schraffierten Balken zeigen die Inzidenzen bei Kleinkindern von 0 bis 4. Der leichte Abfall in den Jahren 2005-2007 lässt hoffen, dass der Aufwärtstrend allmählich ausläuft:(Quelle) Es gibt aber auch Autoimmunerkrankungen, die in den letzten Jahrzehnten etwas seltener auftreten, zum Beispiel rheumatoide Arthritis.

Viele Autoimmunerkrankungen sind in industrialisierten und postindustriellen Staaten wesentlich weiter verbreitet als in Schwellen- und Entwicklungsländern. Dies scheint nicht nur eine Frage der systematischeren Diagnose zu sein. Hier die Typ-1-Diabetes-Inzidenzen bei 0- bis 14-Jährigen im Jahr 2011:

(weiß: keine Daten, gepunktet: bis zu 5 neue Fälle, schraffiert: 5-14 neue Fälle, schwarz: über 14 neue Fälle pro 100.000 Kinder und Jahr; Quelle)