Im Rahmen des Human Genome Project sind die bakteriellen Lebensgemeinschaften an zahlreichen unterschiedlichen Stellen des Körpers untersucht worden. Die Umweltbedingungen unterscheiden sich so deutlich, dass zum Beispiel an den Knien z. T. andere Arten siedeln als unter den Füßen (Schnittmengendiagramm rechts).

Die korrespondierenden Stellen an der linken und der rechten Körperseite weisen im Allgemeinen eine sehr ähnliche Artenzusammensetzung auf. Es gibt aber kleinere Abweichungen, zum Beispiel zwischen der linken und der rechten Fußsohle (Diagramm unten Mitte). Einige Bakterien wachsen zum Beispiel fast ausschließlich in der rechten Achselhöhle; vermutlich herrschen dort aufgrund der Rechtshändigkeit der meisten Menschen etwas andere Umweltbedingungen als unter der linken Achsel.

Die Bakterienflora zweier erwachsener Individuen (A und B, Diagramm unten rechts) unterscheidet sich schon stärker, wobei es aber einen gemeinsamen Kernbestand gibt. Außerdem entwickeln sich die bakteriellen Gemeinschaften nach der Geburt, bei der sie vor allem durch die Vaginalflora der Mutter „angeimpft“ werden, noch stark weiter (Diagramm unten links), während sie später bei gesunden Personen über längere Zeit mehr oder weniger konstant bleiben. In der Pubertät und im Alter verändern sie sich aber merklich.

(Die Größen der Kreise und der Schnittmengen sind willkürlich gewählt und sollen die Phänomene nur qualitativ andeuten.)

Um einen Eindruck von der Komplexität der lokalen Artengemeinschaften zu vermitteln: In einer Studie fand man im Mund 56 Bakterienarten, auf der Haut 48, in der Speiseröhre 43, im Magen 25, im Darm 195 und in der Vagina fünf.